目前冷链物流的成本相对比较昂贵，大大小小的冷链企业发展很快，但受此约束盈利水平都并不高。国内农产品电商接近 4000 家，其中仅有 1%盈利。尤其是大型电商盈利受拖累影响较为严重，主要是因为要搭建物流链条，成本回收期较长。
昂贵的冷链物流成本主要是由运输成本、仓储成本、库存成本和管理成本组成。其中运输成本与仓储成本所占比例较大，而库存成本的比例相对较小。为了节约成本，有些中小企业采用了“断链”的方式来操作——用常温运输代替冷链运输，导致产品质量受损。我们认为，降低成本的关键在于形成合理、高效的冷藏链。运输过程中，企业应针对当前冷链物流的发展，积极发展多品种小批量的小编组机冷车，满足市场对多品种小批量货源运送的需求。
在配送管理阶段，企业可以针对保质期极短产品的大量小订单、众多配送网点、复杂时间窗等问题，采取合并小订单、整合配送网点、合并不同产品的时间窗来降低运输成本。对于库存控制，企业需要尽可能地降低冷库空置率，借助库存信息系统在平衡货品过期和缺货的条件下确定最佳订货点。
国内的冷链物流主要集中在公运输方面，而航空、铁等运输形式还处在起步阶段。近期我国交通运输体质的突破和铁冷链物流加大建设力度，使得在铁枢纽周边的冷链物流设施有重大投资机会， 如何实现运输工具的多样化将成为新的思考点。
另一方面，冷链企业在产品流通过程中可以采用更加先进的冷藏技术确保产品的质量和安全。如运用有害物质分析检测技术、真空预冷技术、动态技术等可以降低产品的损耗率，提升运行效率。
此外，企业还可以通过完整的运输管理信息系统来协调订单处理、运输、配送、承运商管理、运力管理、返单管理、应收应付管理以及退货管理等业务环节，加强企业的整体联动效应来降低消耗成本。
在满足冷链产品安全和物流服务质量的前提下，如何打开行业盈利空间成为各企业思考的问题。除了降低成本外，提高仓储的周转率以及探索共同配送模式，构建城市冷链物流配送网络体系将有助于企业盈利的快速。由此来看，提高冷链运营管理水平，创新服务模式，并利用好先进的信息技术，是一条可持续性发展的道。
当前国内的冷链物流经营模式可以分为五大类，分别是依托大客户型的冷库、依托批发市场型的冷库、自有终端超市型的冷链配送中心、依托农产品主产地型的冷库、国有战略储备型的冷库。从五种运营模式来看，收益与经营优势各有不同，面临业内的竞争压力程度也有所区别。