营业税改征试点政策中的一项重要内容就是在现行17%和13%两档税率的基础上，增设11%、6%两档低税率。《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征试点的通知》(财税〔2011〕111号)，交通运输业(陆运输服务、水运输服务、航空运输服务、管道运输服务)适用11%的税率;研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、鉴证咨询服务等现代服务业适用6%的税率。
目前上海市运输业有两种，一种是《公、内河货物运输业统一》，主要是实行简易征收的货运试点纳税人使用，此类到2012年3月底结束使用，从4月1日开始，统一使用《上海市国税通用机打》，一般纳税人收到此类的，按原抵扣方法保持不变。另一种是《货物运输业专用》，根据财税〔2011〕111号文件，提供交通运输业服务，运输费税率为11%。企业取得上海市一般纳税人开具的《货物运输业专用》，按取得的专用上注明的额为进项税额，准予从销项税额中抵扣。
一是货物运输抵扣凭证的变化，从2012年1月1日(含)以后，全国的一般纳税从试点地区取得可抵扣的运输费用凭证，应是《货物运输业专用》(铁运输费用结算单据除外)，其他运输费用结算单据一律不得作为扣税凭证。二是一般纳税人取得的专用，无论是否属于可抵扣范围，都必须先认证，否则会游离于整个抵扣链条之外，造成滞留。三是受票方要注意鉴别，《国家税务总局关于启用货物运输业专用的公告》(国家税务总局公告2011年74号)第三项第五款明确界定了代码和号码的编制原则，依据此原则，一般纳税人2012年1月1日(含)以后从试点地区取得的《货物运输业专用》的代码是3100111730，号码的前两位或四位应是11或2011。
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